大棚內的五水硫酸鎂等肥料不容易流失，過度施用化肥，會引起土壤中鹽類濃度增加，導致土壤的鹽漬化。要控制氮肥，增施磷鉀肥，要禁止或限量施用的氮肥是硝酸銨、硝酸鉀以及含硝態氮的復混肥。在大棚蔬菜管理上，要增加通風時間，增強光照強度，這樣可減少蔬菜硝酸鹽的含量。
  大棚蔬菜施用農家肥時要充分腐熟。因為沒有經過腐熟的農家肥存在有病菌和蟲卵，如果給蔬菜施用后，容易使病害得到傳播。另外，如果將農家肥放到大棚里再進行腐熟，將會產生氨氣，菜苗。因此，農家肥要充分腐熟后再施用。沼肥因為通過厭氧發酵，基本殺滅了有害病菌和蟲卵，還可以疏松土壤，是農家肥，應當大推廣使用。

  底肥盡量在蔬菜定植一周前施用，并且要與土壤混合均勻。追肥可以在距離植株7—10厘米的地方溝施或者穴追。追肥后要及時蓋土、澆水，千萬不要將肥料直接撒在地面或植株上，以免肥料揮發或蔬菜秧苗。根外追肥，應該在蔬菜需要肥料的高峰期及蔬菜生長后期。選擇在陰天或傍晚的時候進行，盡量將肥液噴到新葉及葉子背面，以利于蔬菜吸收。
  大棚蔬菜不宜施含氯化肥。因為氯離子能降低蔬菜中的淀粉含量，使品質變劣，而且殘留于土壤中易造成土壤板結。同時，要限量施用硫酸鎂、硫酸銨類肥料。因為硫酸根離子，不易被蔬菜吸收，長期施用會殘留在土壤中，危害蔬菜生長。